Pierwsze karty historii żeglarstwa zostały zapisane zostały w Szczecinie jeszcze w połowie ubiegłego wieku. Sekcja żeglarska ówczesnego Morskiego Klubu Sportowego odegrała tym samym niebagatelną rolę w rozwoju szczecińskiego jachtingu. W 1950 roku powstało Zrzeszenie Sportowe Kolejarz, którego przewodniczącym został Feliks Gawroński. Rok później Kolejarz wszedł w skład MKS Pogoń, a komandorem sekcji żeglarskiej został Tadeusz Tobjasz.
Z biegiem lat dzięki posiadaniu coraz znaczącej flotylli sportowej oraz szerokiego grona doświadczonych żeglarzy, sekcja mogła w pełni rozwijać żagle. Działalność prowadzona była w kilku kierunkach. Organizowano rejsy rekreacyjne i kolonie dla dzieci, a żeglarze Pogoni uczestniczyli w rejsach nie tylko po Jeziorze Dąbskim i Zalewie Szczecińskim. Startowali także w regatach zatokowych i pełnomorskich – coraz większą uwagę przywiązywano do działalności sportowo-wyczynowej.
Równo z rozwojem sekcji rozwijała się historia przystani żeglarskiej nad Regalicą, której budowa rozpoczęła się w 1952 roku. Początkowo zakładano, że będzie to ośrodek sportów wodnych, który miał służyć nie tylko żeglarzom, ale i kajakarzom, wędkarzom czy motorowodniakom. Później mówiono o ośrodku sportowo-rekreacyjnym, a nawet socjalnym z własnymi domkami dla pracowników przedsiębiorstw gospodarki wodnej. Na przystani zawsze jednak dominowali żeglarze. Dzisiejsza marina powstawała na terenie dawnego tartaku, po którym do dziś pozostał jedynie komin. Każdy z kolejnych zarządców sekcji, a później jacht klubu wniósł znaczący wkład w dzieło budowy. Prace rozpoczęto oczywiście od porządkowania, później stawiano domki rekreacyjne, zakładano ogródki. Stale prowadzono też roboty polegające na pogłębianiu basenu i kanału oraz umacnianiu brzegów. Prace ziemne pozwoliły natomiast podnieść poziom terenu o 150cm! Duży wkład w kilkudziesięcioletnie dzieło budowy przystani nad Regalicą miały zakłady patronackie, a przede wszystkim Zarząd Portu Szczecin-Świnoujście, który był właścicielem terenu, PRCiP, którego barki dostarczały urobek z pogłębiania czy Stocznia Remontowa Gryfia, która ofiarowała nadbudówkę ze statku „Kaszuby”.
Sekcja żeglarska przez wiele lat była najliczniejszą sekcją sportową MKS Pogoń, zrzeszając 400 osób! W chwili przekształcenia sekcji w Jacht Klub Pogoń należało do niej ponad 100 żeglarzy oraz 30 dziewcząt i chłopców. Stowarzyszenie JKP powołano w 1995 roku, a wniosek o zarejestrowanie stowarzyszenia złożyli w imieniu komitetu założycielskiego: Wojciech Banach, Bogusław Byrka i Henryk Ojrzanowski. Dziś JK Pogoń posiada osobowość prawną i ma charakter komercyjny. Zrezygnowano z utrzymywania dużej, własnej floty sportowej. Większość jachtów sprzedano, także żeglarzom – członkom klubu. W dyspozycji Pogoni są natomiast łodzie regatowe klas przygotowawczych i olimpijskich. Komandorem JKP jest od 1998 roku kpt ż.w. Marek Czaja. Obok niego w tym samym roku w nowych władzach klubu znaleźli się wówczas Henryk Kałuża, Andrzej Podlasiński, Zbigniew Paluszkiewicz, Adam Dąbrowski, Halina Kmiotek i Krzysztof Lisowski.
